IBSG Journal Club xin mời quý độc giả tham gia session thứ 42 vào sáng Chủ Nhật ngày 03.11.2024 theo thông tin dưới đây.
Người thuyết trình:
Senior Mentee:
Nguyễn Phúc Nguyệt Anh: nghiên cứu sinh tiến sỹ, Scripps Research Institute, San Diego, USA.
Mentees:
Vũ Nhân Khánh: sinh viên, Đại Học Kỹ Thuật Swinburne, Australia.
Lê Thị Huyền Trâm: sinh viên thạc sỹ data science, Đại Học Khoa Học Tự Nhiên TP HCM.
Nguyễn Thảo Ly: sinh viên, Đại Học Khoa Học và Công Nghệ Hà Nội.
Phạm Thanh Toàn: sinh viên, Đại Học khoa Học Tự Nhiên TP HCM.
Người hướng dẫn:
TS Phạm Trường Duy: senior computational biologist, Viện Wellcome Sanger, Đại Học Cambridge, UK.
Thời gian: 9:00 AM – 11:00 AM Chủ Nhật ngày 03.11.2024 giờ Việt Nam.
Bài báo sẽ thảo luận:
Trellis tree-based analysis reveals stromal regulation of patient-derived organoid drug responses
Link: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)01220-5
Title bài thuyết trình: Patient-derived organoid-based drug screening system using Trellis: an interpretable model
Short title tiếng Việt: Thuật toán sàng lọc thuốc dựa trên organoid từ bệnh nhân
Tóm tắt:
Các organoid được tạo từ bệnh nhân (PDOs) có thể mô phỏng cá nhân hóa các phản ứng điều trị; tuy nhiên, các công nghệ sàng lọc hiện tại không thể tiết lộ cơ chế phản ứng với thuốc hoặc cách các tế bào trong vi môi trường khối u thay đổi hiệu quả điều trị. Để giải quyết vấn đề này, tác giả đã phát triển một nền tảng multiplexed mass cytometry nhằm đo lường sự biến đổi tín hiệu sau dịch mã (PTM), tổn thương DNA, hoạt động chu kỳ tế bào, và quá trình chết tế bào theo lập trình trong hơn 2.500 organoid ung thư đại trực tràng (CRC) và nguyên bào sợi liên quan đến ung thư (CAFs) khi phản ứng với các liệu pháp lâm sàng ở độ phân giải từng tế bào (single-cell).
Để so sánh các phản ứng thuốc đặc trưng của bệnh nhân và vi môi trường trong hàng nghìn tập dữ liệu tế bào đơn, tác giả cũng đã phát triển “Trellis” – một phương pháp phân tích hiệu quả điều trị dựa trên thuật toán dạng cây có khả năng mở rộng cao. Sàng lọc đơn bào bằng Trellis tiết lộ rằng sự ngăn chặn chu kỳ tế bào và tác động của tổn thương DNA do thuốc gây ra là phổ biến, ngay cả ở các PDO kháng hóa trị. Tuy nhiên, quá trình chết tế bào theo lập trình do thuốc gây ra hiếm gặp hơn, đặc trưng theo bệnh nhân, và liên quan đến tín hiệu PTM trong tế bào ung thư. Tác giả phát hiện ra rằng CAFs có thể điều chỉnh tính linh hoạt của PDO – chuyển đổi các tế bào gốc đại tràng tăng sinh (proCSCs) thành các tế bào gốc đại tràng phục hồi chu kỳ chậm (revCSCs) để bảo vệ tế bào ung thư khỏi hóa trị liệu.
Zoom meeting:
https://uwmadison.zoom.us/j/99736616062?pwd=ERQd9kijSbLoeLKh76ahQS7ZLQbw6S.1
Meeting ID: 997 3661 6062
Passcode: IBSGJC2024
